A continuación, en la tercera semana de abril, la nave dejará de girar y comenzará entre 5 y 6 semanas de observaciones intensivas de ciencia planetaria, astrofísica y heliofísica con sus cámaras de a bordo.
Entre las investigaciones figuran estudios de los balances energéticos de Urano y Neptuno; observaciones de KBO distantes; estudios de la luz cósmica de fondo visible y ultravioleta; y cartografía del gas hidrógeno interestelar "local". Además, New Horizons continuará realizando mediciones de impacto de polvo, plasma y espectrómetros de partículas cargadas las 24 horas del día, tal y como hizo durante la hibernación.